一、 宅基地轉讓協議糾紛三個方面問題的處理方式
1. 協議的效力問題。
宅基地轉讓協議的效力要看具體的簽約對象，如果是本集體經濟組織內部成員之間轉讓宅基地的，那么該協議是有效的；如果是向本集體經濟組織以外的人且未獲得集體經濟組織同意的，轉讓宅基地使用權，那么就是無效的。因為根據土地管理法的規定，宅基地屬于集體經濟組織所有，為了滿足本集體經濟組織成員的居住和生活需要，不能像本集體經濟組織之外的成員進行轉讓。
2. 協議無效的法律后果。
根據合同法的規定，協議無效的法律后果是恢復原狀，但是由于房屋買賣關系的人的基本居住權和生存權，因此一味的恢復原狀也不利于問題的解決，因此上海采取了變通的做法，如果房屋尚未交付使用的恢復原狀；如果該房屋已經交付買方居住使用，那么本著尊重和維持現狀的原則處理，駁回產權人要求購買人遷出的訴訟請求。
3. 如果遇到拆遷怎么辦。
宅基地轉讓協議簽訂履行后遇到拆遷的，那么法院可以直接以判決動遷款的歸屬的方式處理雙方之間的糾紛，如果購買人是被集體經濟組織的，那么動遷款均歸購買人所有，如果購買人非本集體經濟組織成員或者甚至是城鎮戶口的，那么在動遷款分配過程中按照三七開的原則處理。
二、處理宅基地轉讓糾紛的法律依據
1. 《憲法》第十條：農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬于國家所有的以外，屬于集體所有；宅基地和自留地、自留山，也屬于集體所有。
任何組織或者個人不得侵占、買賣或者以其他形式非法轉讓土地。土地的使用權可以依照法律的規定轉讓。
2. 《物權法》第一百五十二條：宅基地使用權人依法對集體所有的土地享有占有和使用的權利，有權依法利用該土地建造住宅及其附屬設施。
第一百五十三條：宅基地使用權的取得、行使和轉讓，適用土地管理法等法律和國家有關規定。
3. 《土地管理法》第八條：城市市區的土地屬于國家所有。
農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬于國家所有的以外，屬于農民集體所有；宅基地和自留地、自留山，屬于農民集體所有。
