對于這一類問題，建議本著尊重歷史、照顧現實和尊重民意的原則，區分不同的情況予以分類解決。在確權工作中應當注意以下幾點：一是搞準耕地實際面積是工作底線。對于存在權屬爭議的，基層部門可以暫緩確權，但必須測量準確、登記清楚，不能怕麻煩、圖省事，對二輪合同面積簡單登記。二是民主協商是基礎。確權登記頒證，農民群眾是主體，擁有知情權、選擇權和決策權。因此，是按合同面積還是按實測面積確權，必須由本集體通過的村組方案決定，不能僅憑村干部決斷。三是圍繞“四至”分類確權。對于“四至”清楚且與二輪延包一致的，應當將“四至”范圍內的新增耕地確權給原承包戶，不得收回重分或留作集體機動地;對于“四至”發生變動，但屬于侵占田間道路、溝渠等村集體公共土地的，應該按二輪延包時的原承包地塊測量面積進行確權，多出的土地可允許農戶繼續耕種;對于農戶承包地之間“四至”發生變動的，且原“四至”無從考據的，應當在民主協商的基礎上，確定新的“四至”，并按新的“四至”進行確權。四是妥善處理違法征占地問題。對于農民在承包地上自發建房等違法用地等問題，建議地方政府在國土等相關部門作出處罰之前，實測面積以農戶實際耕種的土地面積填寫，暫不確權，但應當注明被占用的土地面積及被占原因。要嚴格禁止和嚴肅查處通過以租代征方式非法占地行為，群眾無異議的，可以考慮對所占承包地采取確權確股的方式進行確權。
四、確權確股不確地問題
按照中央文件精神，確權可分為確權確地到戶和確權確股不確地到戶兩種形式。關于兩種確權形式之間的關系，2015年六部門《關于認真做好農村土地承包經營權確權登記頒證的意見》進一步將“堅持以確權確地為主”，作為開展工作必須把握的政策原則，提出“總體上要確地到戶，從嚴掌握確權確股不確地的范圍”。可以看出，對待確權確股不確地這種形式，中央的態度是謹慎而又嚴格的。
從各地實踐來看，地方對于明確這種形式的主體、條件以及操作程序又是有迫切需求的。目前，一些地區已經進行了探索，如山東淄博市出臺了《關于實行農村土地承包經營權“確權確股不確地”工作的指導意見(試行)》。目前，全市有92個村采取這一方式開展了承包地確權工作。青島市印發了《開展農村土地承包經營權“確權確股不確地”試點意見》，明確開展“確權確股不確地”只能在土地承包以來未落實到戶、因土地征占用致使人均耕地較少、因城市功能區和產業園區建設無法“確權確地”以及人均承包地0.3畝以下等“四類村居”進行。
確實權，就是要把農戶的承包地塊數量、面積搞清楚，權屬邊界弄準確。確權確股不確地雖然能體現農戶對承包地的收益權，但農戶享有的只是權利束中的收益權，不享有占有、使用權，已不是法律意義上的用益物權。如果處理不好，容易損害農民利益，需要嚴格限制適用范圍、條件和程序。中央提出“在尊重農民意愿的前提下，也可以確權確股不確地”，主要是針對由于多種原因部分地區一直實行集體統一經營的方式，或者已經承包到戶但流轉打破了承包地地塊地界、土地改變用途、人均面積過小以及其他特殊情況而提出的。開展確權確股不確地，基層部門要加強調查研究，針對本地實際提出操作性建議和具體方案，并報確權登記頒證領導機構批準。既要注意協調不同區域之間確股方案的差異，也要正確處理同一區域范圍內確地與確股之間的關系，控制和化解各種風險。在實際操作中，必須注意把握以下幾點：一是嚴格控制確股土地的范圍，不得隨意擴大;二是確股土地必須限定在農業生產范圍之內;三是堅持農民自愿原則，實施方案要經全體村民協商同意，民主確定確股的實施條件、操作路徑及股權管理方式。同時，確權確股不確地也要注意與成果驗收相銜接。
開展農村土地承包經營權確權登記頒證，關鍵在權屬調查。搞好確權登記頒證的主要目的之一，就是要明確承包地歸屬，定紛止爭、化解矛盾。各地要堅持以農民群眾為主體，充分發揮農民群眾的主體作用，特別是老黨員、老干部熟悉情況、調解紛爭的積極作用，在不違背法律精神的前提下，民主協商處理矛盾。對于權屬爭議較大，認識不一致的，可以先深入調研、摸清情況，暫緩開展確權工作。
六、土地承包經營權共有人問題
農村土地承包經營權共有人的確定，涉及農村集體經濟組織成員資格認定。由于此次確權登記頒證工作是對二輪承包關系的完善，各地在試點過程中，結合承包方和發包方的意愿，原則上應當按照二輪承包時的人口登記。對于完成農村集體產權制度改革的村組，可以參照改制方案中關于本集體成員資格的標準確定共有人。
家庭承包的主體是承包農戶，登記土地承包經營權共有人要與二輪承包時的情況相符，發生變化的要協商一致后填寫。按現有戶籍人口登記的，要以是否參與二輪承包為依據，并同時得到承包方和發包方的認可。二輪承包前，在校或待業大學生、現役軍人或戶口遷居小城鎮人員，按政策不再享有農村家庭承包經營權;參加了二輪承包，但本人未主動放棄承包經營權的，可以作為共有人登記，但是否繼續列為家庭承包經營權共有人應由承包戶家庭內部協商決定，經當事人和其他共有人簽字認可，并報村委會備案。一些戶口在本村組的空掛戶、寄掛戶、退休回鄉人員不能作為共有人登記。
受傳統和習俗的影響，在“從夫居”的婚姻模式下，一些地方不同程度地存在侵害婦女土地權益的問題。個別地方以村民代表大會或村規民約的方式，將外嫁女或離婚喪偶婦女的土地收回。因此，在確權登記頒證工作中，要高度重視農村婦女的土地承包權益，依法落實農村婦女的土地承包經營權。在技術層面，農村土地承包經營權登記簿上可以記載承包經營權共有人情況，并做適當的備注，作為確權的記錄;土地承包經營權證書上可以填戶主情況，也可以填寫共有人的信息，農村婦女既可以作為承包方代表，也可以作為共有人進行登記。
